Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA

Shafa Noer

doi:10.30998/edubiologia.v1i1.8596

Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA

Shafa Noer^(1*)

(1) Universitas Indraprasta PGRI
(*) Corresponding Author

Abstract

Identifikasi bakteri secara molekular saat ini banyak dipilih oleh para peneliti diberbagai bidang terkait berbagai keuntungan dan kemudahan yang ditawarkannya. Salah satu metode identifikasi bakteri yang paling umum digunakan adalah dengan menggunakan penanda gen 16S rRNA. Panjang urutan gen 16S rRNA adalah sekitar 1.550 bp dan terdiri dari daerah yang dilestarikan (conserved regions). Beberapa keuntungan dalam identifikasi menggunakan 16S rRNA adalah dapat mengidentifikasi bakteri yang tidak dapat dikultur, memiliki tingkat akurasi yang tinggi, waktu yang dibutuhkan relatif cepat, dan lain-lain. Disamping berbagai kelebihannya, ternyata metode ini juga memiliki beberapa kekurangan diantaranya tidak sesuai digunakan untuk spesies tertentu. Langkah identifikasi bakteri menggunakan 16S rRNA secara umum adalah ekstraksi DNA, amplifikasi daerah 16S menggunakan PCR, visualisasi gen menggunakan elektrofesis, sekuensing, dan mengolah data hasil sekuensing dengan bioinformatika.

Keywords

Bacteria; 16S; rRNA; Molecular; Identification

Full Text:

PDF (Indonesian)

References

Akihary, C. V., & Kolondam, B. J. (2020). Pemanfaatan gen 16S RNAa sebagai perangkat identifikasi bakteri untuk penelitian-penelitian di Indonesia. Pharmacon, 9(1), 16–22.

Bansal, A. K., & Meyer, T. E. (2002). Evolutionary analysis by whole genome comparisons. J. Bacteriol, 184, 2260–2272.

Bottger, E. C. (1989). Rapid determination of bacterial ribosomal RNA sequences by direct sequencing of enzymatically amplied DNA. FEMS Microbiol. Lett, 65, 171–176.

Brown, T.A. (1991). Pengantar Kloning Gen (Muhammad, S. A & Praseno, Penerjemah). Yayasan Essentia Medica: Yogyakarta.

Cai, H., Archambault, M., & Prescott, J. F. (2003). 16S ribosomal RNA sequence–based identification of veterinary clinical bacteria. J Vet Diagn Invest, 15, 465–469.

Chen, H., Hulten, K., & Clarridge III, J. E. (2002). Taxonomic sub groups of Pasteurella multocidacor relate with clinical presentation. J. Clin. Microbiol, 40, 3438–3441.

Clark, D. P., & Pazdernik, N. J. (2009). Biotechnology Applying the Genetic Revolution. Elsevier Academic Press: London.

Fox, G. E., Magrum, L. J., Balch, W. E., Wolfe, R. S., & Woese, C. R. (1977). Classi?cation of methanogenic bacteria by 16S ribosomal RNA characterization. Proc Natl Acad Sci, 74, 4537–4541.

Heikens, E., Fleer, A., Paauw, A., Florijn, A., & Fluit, A. C. (2005). Comparison of genotypic and phenotypic methods for species-level identi?cation of clinical isolates of coagulase-negative staphylococci. J. Clin. Microbiol, 43, 2286–2290

Janda, J. M., & Abbott, S. L. (2007). 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: Pluses, perils, and pitfalls. Journal of Clinical Microbiology, 45(9), 2761–2764.

Kepel, B., & Fatimawali. (2015). Penentuan jenis dengan analisis gen 16SrRNA dan uji daya reduksi bakteri resisten merkuri yang diisolasi dari feses pasien dengan tambalan amalgam merkuri di Puskesmas Bahu Manado. Jurnal Kedokteran YARSI, 23(1), 45–55.

Kwok, A. Y., & Chow, A. W. (2003). Phylogenetic study of Staphylococcus and Macrococcus species based on partial hsp60 gene sequences. In. J. Syst. Evol. Microbiol, 53, 87–92.

Rinanda, T. (2011). Analisis sekuensing 16S rRNA di bidang mikrobiologi. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala, 11, 172-177.

Sacchi, C. T., Whitney, A. M., Mayer, L.W., Morey, R., Steigerwalt, A., Boras, A., Weyant, R.S., & Popovic, T. (2002). Sequencing of 16SrRNA gene: a rapid tool for identication of Bacillus anthracis. Emerg. Infect. Dis, 8, 1117–1123.

Sacchi, C. T., Whitney, A. M., Reeves, M. W., Mayer, L. W., & Popovic, T. (2002). Sequence diversity of Neisseria meningitides 16S rRNA genes and use of 16S rRNA gene sequencing as a molecular sub typing tool. J. Clin. Microbiol, 40, 4520–4527.

Woese, C. R., Stackebrandt, R., Macke, T. J., & Fox, G. E. (1985). A phylogenetic definition of the major eubacterial taxa. Syst. Appl. Microbiol, 6, 143–151.

DOI: http://dx.doi.org/10.30998/edubiologia.v1i1.8596